產(chǎn)品介紹

轉(zhuǎn)錄調(diào)控

轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）是目前高通量測序技術(shù)中被用得最廣的一種技術(shù)，可以幫助我們了解各種比較條件下，所有基因的表達(dá)情況的差異。它可以檢測的差異有：正常組織和腫瘤組織的之間的差異；也可以檢測藥物治療前后基因表達(dá)的差異；還可以檢測發(fā)育過程中，不同的發(fā)育階段，不同的組織之間的基因表達(dá)差異。諸如此類。同時(shí)還可以檢測 RNA 的結(jié)構(gòu)上的差異。例如可變剪接，融合基因，單核苷酸多態(tài)性（SNP）等。

應(yīng)用領(lǐng)域

基因表達(dá)譜分析、基因調(diào)控機(jī)制、生物識別與分類、藥物篩選與副作用研究、疾病的分子機(jī)制研究等。

應(yīng)用介紹

生物學(xué)研究： 您可以使用快速獲得感興趣的細(xì)胞、組織或生物體內(nèi)mRNA的種類及其豐度，并發(fā)現(xiàn)由于可變剪接或SNP的選擇而產(chǎn)生新的mRNA isoform，同時(shí)，您也可通過分析不同細(xì)胞或不同組織中mRNA的種類及其豐度，來進(jìn)一步研究mRNA的差異表達(dá)信息。通過對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分析，可發(fā)現(xiàn)細(xì)胞分化過程中基因表達(dá)調(diào)控變化的整體特征，以及在機(jī)體發(fā)育，信號傳遞等生物學(xué)過程中的作用。如果您希望研究某種基因如何通過改變細(xì)胞基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)來發(fā)揮其生物學(xué)功能，您可以進(jìn)行突變、敲除或敲低該基因，并比較實(shí)驗(yàn)組和對照組的RNA-seq分析結(jié)果。通過差異表達(dá)分析，您可以快速全面地獲得所需信息

醫(yī)學(xué)研究： 在癌變和其他復(fù)雜疾病的發(fā)生和發(fā)展過程中，細(xì)胞內(nèi)的基因表達(dá)模式會(huì)發(fā)生顯著改變。如果您是臨床醫(yī)生或相關(guān)研究人員，希望快速全面了解您感興趣的癌癥或其他疾病發(fā)生過程中基因表達(dá)模式的變化，以為該疾病的診斷和治療提供重要的解決方案。通過對照正常樣本和疾病樣本中表達(dá)模式發(fā)生顯著變化的基因以及其功能分析，RNA-seq技術(shù)可以快速幫您找到正確答案。

分析流程

送樣要求

結(jié)果展示

文獻(xiàn)案例

CST1通過OTUB1調(diào)控GPX4蛋白穩(wěn)定性抑制鐵死亡并促進(jìn)胃癌轉(zhuǎn)移

CST1 inhibits ferroptosis and promotes gastric cancer metastasis by regulating GPX4 protein stability via OTUB1

期刊：Oncogene 發(fā)表時(shí)間：2023年1月 單位：蘇州大學(xué)蘇州醫(yī)學(xué)院

研究背景

轉(zhuǎn)移是導(dǎo)致胃癌患者預(yù)后不良的重要因素;然而，導(dǎo)致這種細(xì)胞行為的分子機(jī)制仍然沒有得到很好的理解。胃癌腹膜轉(zhuǎn)移發(fā)生率高，早期診斷困難，發(fā)生機(jī)制不明確的同時(shí)預(yù)后較差。最近的資料顯示，化療后的整體療效和預(yù)后仍然較差。因此，尋找胃癌轉(zhuǎn)移患者的新治療方法是至關(guān)重要的

研究方法

本研究采用胃癌合并腹膜轉(zhuǎn)移惠者的臨床標(biāo)本進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序分析及相關(guān)分子機(jī)制研究。測序后，篩選許多l(xiāng)ncrna和mrna進(jìn)行進(jìn)一步加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)。通過cytoHubba鑒定gcpm相關(guān)樞紐lncrna和基因，并通過實(shí)時(shí)熒光定量PCR (qRT-PCR)、受試者工作特征曲線(ROC)分析和Kaplan-Meier生存分析驗(yàn)證。GO、KEGG和GSEA顯示gcpm相關(guān)通路。相關(guān)分析揭示了樞紐lncrna與基因之間的潛在關(guān)系。

研究結(jié)果

1. RNA-seq結(jié)果顯示了3904個(gè)不同的基因，熱圖顯示了最高和最低的20個(gè)表達(dá)基因。在差異表達(dá)基因中，CST1在原發(fā)性胃癌組織中顯著上調(diào)。火山圖顯示了一致的結(jié)果。然后，我們再次對4對腹膜轉(zhuǎn)移性胃癌組織進(jìn)行RNA-seq分析。相應(yīng)的對照、熱圖和火山圖顯示，CST1在該隊(duì)列中也上調(diào)。然后，上調(diào)基因的Venn圖顯示了兩個(gè)集群中常見和特異性基因的數(shù)量，共篩選到768個(gè)常見上調(diào)基因。CST1在胃癌和腹膜轉(zhuǎn)移的胃癌組織中表達(dá)上調(diào)。

2.通過WGCNA分析聯(lián)合臨床樣本驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)InC-TRIM28-14是胃癌腹膜轉(zhuǎn)移潛在的診斷、預(yù)后標(biāo)志物。

3.紅色模塊與腹膜轉(zhuǎn)移相關(guān)(r = 0.47, p = 0.03)。可視化了紅色模塊100個(gè)基因的MM和GS，發(fā)現(xiàn)它們之間存在顯著的相關(guān)性(r = 0.34, p = 0.00054)。我們使用與上述方法類似的方法，在Cytoscape中構(gòu)建了500個(gè)頂邊的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，并選擇了15個(gè)程度和MCC值最高的基因。最后，六個(gè)程度最高的基因(CD93、COL1A2、COL3A1、COL4A1、COL4A2和COL6A1)隨后被確定為GCPM的候選樞紐基因。

4.基于體液、組織、細(xì)胞及動(dòng)物多水平的研究初步闡釋了CST1、Inc-TRIM28-14、circGOSR1等分子在胃癌腹膜轉(zhuǎn)移中的重要作用及關(guān)鍵機(jī)理，并有望成為胃癌腹膜轉(zhuǎn)移臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用的新的腫瘤學(xué)標(biāo)志物及精準(zhǔn)治療靶點(diǎn)。